В 1954 году при Казахском государственном медицинском институте в г. Алма-Ата был создан факультет усовершенствования врачей. В его составе работало несколько кафедр и доцентских курсов. Однако, вскоре объем работы по специализации и усовершенствованию, проводимый в рамках факультета, перестал удовлетворять растущие потребности республики. Число врачей различных специальностей превысило 15 тысяч человек, и встал вопрос о создании института, который на достаточно высоком уровне мог бы проводить обучение врачей.