Казахский медицинский университет непрерывного образования берет свое начало с августа 1963 года, когда Советом Министров СССР было принято решение о создании Алма-Атинского государственного института усовершенствования врачей (АГИУВ). В мае 2014 года Постановлением Правительства Республики Казахстан институт был реорганизован и переименован в Казахский медицинский университет непрерывного образования.